La Coordinación de Deportes ofrece a los estudiantes variados tipos de talleres para realizar actividades físicas. Este tipo de actividades permite que los estudiantes realicen ejercicio físico y desarrollo corporal, además de potenciar la interiorización de valores como el trabajo en equipo, el respeto a las normas, el sentido del esfuerzo, la superación personal y la lealtad.

Actualmente los deportes en el colegio Hermano Fernando se divide en 3 grandes secciones: Semilleros, Selecciones y Academias. Los semilleros están enfocados en la preparación de nuestros futuros deportista. Estos semilleros van desde 1º básico a 6º básico. Con entrenamientos 2 veces por semana en los deportes fútbol, basquetbol, voleibol, atletismo y gimnasia rítmica.

Las Selecciones, como lo indica su nombre, son los deportes selectivos con nivel de competencia, es decir, que los deportistas seleccionados por sus entrenadores son los que representan al CHF en competencias a nivel comunal, regional y nacional. Teniendo como gran objetivo durante el año los Juegos Nacionales Maristas y los Juegos Nacionales Escolares organizados por el Instituto Nacional del Deporte. Estas selecciones deportivas entrenan todos los días de la semana entre las 16:15 horas hasta las 18:15 horas en las disciplinas de Fútbol (varones), Basquetbol (damas y varones), Voleibol (damas y varones), Atletismo (damas y varones) y Gimnasia Rítmica (damas)

Finalmente tenemos las Academias, las que representan deportes no olímpicos maristas pero que tienen la misma importancia y relevancia para todos nuestros estudiantes en su desarrollo integral. En esta área tenemos la academia de circo, que tiene presentaciones internas en el CHF, en la comuna de Alto Hospicio y a nivel regional en la comuna de Iquique.

El Departamento de Deportes del CHF se conforma por un amplio equipo de profesores de Educación Física y Preparadores Físicos. La coordinación de este departamento es llevada por Abel Romero Ruiz y su equipo por disciplina:

- Hernán Salvador: Fútbol
- Rolando Grandon: Basquetbol
- Cristóbal Rojas: Voleibol
- Daniel Páez: Atletismo
- Pía Cañete: Gimnasia Rítmica
- Bárbara Valenzuela: Circo
- Ayleen Hurtado: Semillero Atletismo y G. Rítmica
- Maribelle Bugueño: Semillero Voleibol y Basquetbol
- Felipe Vásquez: Semillero Polideportivo y Fútbol