La Fundación Educacional Colegio Marista Hermano Fernando fue creada, a solicitud de la Congregación de los Hermanos Maristas, por Mons. Marco A. Órdenes, Administrador Diocesano de la Diócesis de Iquique, con fecha 17 de octubre de 2006, mediante el Decreto 08/2006.
El Directorio de la Fundación tiene a su cargo la dirección superior de la Fundación, en conformidad con sus Estatutos. Entre sus atribuciones y deberes están: el dirigir la Fundación y velar porque cumpla las finalidades que persigue; administrar los bienes e invertir sus recursos; delegar parte de sus atribuciones en el Presidente o en alguno de sus miembros; informar periódicamente al Provincial de la Congregación marista y al Obispado de Iquique de la marcha de la Fundación; presentar el presupuesto a la Congregación; fijar criterios para contratar y desvincular al personal, entre otras funciones.